北海道の農畜産物の70%は都府県へ移出されています。日本の食料基地である北海道の新鮮なおいしさをそのまま全国へ流通させることが、物流部の仕事です。

　釧路港と日立港を結ぶ海上ルートには、毎日運航体制で「ほくれん丸」と「第二ほくれん丸」が就航しており、生乳をはじめさまざまな農畜産物を積載して、両港を約20時間で結んでいます。2006年6月と8月には、新造船を導入し、より一層積載能力を増やし、基幹流通ルートとして機能しています。

　東京には、食品流通センター（倉庫）を所有し、流通拠点とし、安定供給に全力を注いでいます。

　ホクレン物流部は、新鮮な農畜産物を安定供給するために、船舶、JR、トラック、航空、倉庫を密接に連携させ、一貫した物流体制を確立させています。また、多様なニーズに応えるため、野菜の小口混載輸送なども実施しています。